El IMII realiza investigación en colaboración dentro del campo de la inmunología para la comprensión y el desarrollo de herramientas adecuadas para hacer frente a patologías humanas como el cáncer, la autoinmunidad y enfermedades infecciosas.

Núcleo Milenio de Ingeniería Molecular y Química Supramolecular para Catálisis, Electrocatálisis, Remediación y Conversión de Energía es un proyecto en el área de nanotecnología ambiental y energética, cuya finalidad es desarrollar dispositivos catalíticos para remediación fotoquímica y electroquímica, y sensores electroquímicos para la detección de contaminantes.

El “Núcleo Milenio de Estudios de Supernovas” (MCSS, por sus siglas en inglés) nace el año 2008 gracias al apoyo de la “Iniciativa Científica Milenio” (ICM), del Ministerio de Planificación (Mideplan), actualmente dependiente del Ministerio de Economía (desde el año 2011).

El Núcleo Milenio en Genómica Funcional de Plantas (NM-GFP) es un Centro de Investigación financiado por la Iniciativa Científica Milenio (Mideplan) dedicado a estudiar los mecanismos que los vegetales utilizan para percibir y responder a señales bióticas y abióticas. Asimismo, constituye un espacio de formación de científicos jóvenes en esta área de la biología vegetal, y desarrolla un programa de difusión del conocimiento generado, tanto en el sistema escolar, como en sectores productivos y sociedad en general.